El convenio interinstitucional CEPA-CEFAFA tiene como propósito el beneficio a los empleados de CEPA con el oportuno suministro de medicamentos e insumos médicos para sus clínicas empresariales. Asimismo coadyuva a las ventas de CEFAFA lo que conlleva al beneficio del Sistema de Sanidad Militar, por medio de las donaciones que este Centro Farmacéutico realiza.