El Centro Farmacéutico de la Fuerza Armada fue creado en fecha 16 de julio de 1968, en el antiguo Hospital Militar, con el nombre de Farmacia del Gobierno Salvadoreño “FAGS”, en un espacio de aproximadamente 35 metros cuadrados, la cual funcionó en sus inicios sin contar con una organización formal, en donde se encontraba ubicada la farmacia y las oficinas administrativas operando con fondos del Ministerio de la Defensa Nacional. En septiembre de 1971 por iniciativa de un grupo de Señores Oficiales, se elaboró un instructivo especial para el funcionamiento de la Comisión de Control de Fondos de la “FAGS”, con el objeto de regular el funcionamiento y delimitar las responsabilidades de la comisión, iniciando sus operaciones a partir de mayo de 1974, donde se implementó un sistema de contabilidad que permitió un control más estricto de los recursos financieros.
Fue así como en diciembre de 1976 se dió nombre a la sala de venta “Cosméticos” ubicada en el antiguo Hospital Militar y en septiembre de 1977 se instaló una sucursal en la ciudad de Santa Ana, ubicada en la Segunda Brigada de Infantería.
El 09 de julio de 1980 se acordó cambiar el nombre de Farmacias del Gobierno Salvadoreño “FAGS” por Farmacia General de la Fuerza Armada “FAGFA” y con la finalidad de contar con una legislación que la respaldara, el Ministerio de la Defensa presentó a la Asamblea Legislativa un proyecto de Ley, la cual fue aprobada y publicada en el Decreto Legislativo Nº 278, Diario Oficial Nº 15, Tomo Nº 286 de fecha 14 de diciembre de 1984, surgiendo así como una Institución Autónoma de Derecho Público y con recursos propios, cambiando su nombre de Farmacia General de la Fuerza Armada “FAGFA” a Centro Farmacéutico de la Fuerza Armada “CEFAFA”, regido por un Consejo Directivo como autoridad máxima a quien le corresponde la orientación y determinación de la política de éste.
Entre los años 1979 a 1985 se aperturaron en las diferentes Unidades Militares y el interior del País, las sucursales: Base Aérea Comalapa, Cooperativa, Guardia Nacional, ex Escuela Militar(CODEM), Policía de Hacienda, Sonsonate, San Miguel Regional, Zacatecoluca, Brigada de Artillería, Ahuachapán, La Unión y BIFA. En 1985 se firmó contrato de construcción del edificio CEFAFA en el terreno donado por el Ministerio de la Defensa Nacional y se colocó la primera piedra, en este mismo año se realizó cambio de logotipo institucional. En los años 1986 a 1990 se crearon las sucursales: CALFA, EMCFA, La Unión 2, Caballería y Sucursal Usulután ubicada en la sexta Brigada de Infantería.
- Firma de donación de terreno para edificio del CEFAFA. En la foto Presidente de la Republica Ing. José Napoleón Duarte, acompañado de los miembros del Alto Mando y Directivos del Centro Farmacéutico.
En marzo de 1991 se realizó la inauguración del edificio administrativo con la presencia del Señor Presidente de la República José Napoleón Duarte, ubicado en Final Boulevard universitario y Avenida Bernal contiguo a Hospital Militar Central, también entre los años 1991 al 2000 se crearon las sucursales: Matriz, Comando de Ingenieros, CODEM, tercera Brigada de Infantería, Fuerza Naval, Despensa Familiar, Metrocentro y Metrosur. En 1993 se acordó aprobar la legalización de las salas de venta del CEFAFA ante autoridades del Consejo Superior de Salud Pública (CSSP), con el propósito de comercializar al público en general, asimismo en 1995 la Sucursal Principal Medicina pasa a llamarse sucursal Matriz.